Origianl Site
http://fiji.sc/

Following document is the translated articles to Japanese at 2009/11/17 (outofdate).

FIJI Site 日本語訳

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FijiはImageJに基づいた画像処理パッケージです。

ユーザーにとっては、Fijiはまとまったメニュー構造(アップデート可能)を持ったプラグイン一式と包括的な文書をともなっており、容易にインストールとアップデートできるものです。

開発者にとっては、Fijiは、gitソースバージョン管理リポジトリにて提供されたオープンソースプロジェクトであり、すべてコード内部(ライブラリおよびプラグイン)を参照することができるため プラグインの記述やプログラム開発が容易に行えるものです。

Fijiを今すぐダウンロードします

ニュース

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内容

  • 同梱されている プラグインの説明.
  • Plugins メニューの詳細.
  • Scripting: in Javascript, in JRuby, in Jython, in Clojure (see also Scripting Help).
  • Documentation for developers. Fiji Build System build system. Report a bug and see current bugs.
  • Find contact information, mailing list, IRC and help (also about the Wiki markup syntax, or how to get an account).

Snapshots

Trakem2-snap.jpgStitching-overview.jpg3D-Viewer.jpgSimpleNeuriteTracer.jpgTem-42-33-f.png
TrakEM2: 359 montages of 13x13 tiles of 2048x2048 pixels eachStitching of images: Automatically reconstruct tiled 2D/3D acquisitions. The example shown (6 times 512x512x86 px) took 90 seconds3D Viewer: hardware-accelerated 3D visualization of image stacks as volumes, orthoslices and meshesSimple Neurite Tracer: semi-automatic tracing of neuronsFeature correspondences: Automatically extracted landmark correspondences using the MOPS descriptor

Projects

3D Viewer

  • Hardware-accelerated 3D volume and mesh visualization, and 3D registration of image stacks.

TrakEM2

  • Register/edit/analyze/segment/annotate/3D model terabytes of confocal and electron microscopy images.

Feature Extraction

  • SIFT and MOPS.

Image registration

  • Consistent and elastic 2D registration (bUnwarpJ)
  • Stack slice registration
  • Image montage (via TrakEM2) with global optimization (in 2D and across sections)

Stitching 2D/3D

  • Stitch multiple image stacks across X,Y,Z.

Segmentation

  • Simple Neurite Tracer (project page)

Segmentation Editor

  • Manual (via TrakEM2)
  • Level Sets
  • Transform
  • Distortion correction: correct lens deformation induced by the microscope (optical and electron microscopy). See the Distortion Correction plugin manual.

VIB Protocol

  • Label-based 3D alignment of image stacks.

ImageJA

  • The core of Fiji.

Skeletons and tree analysis

  • Skeletonize and Analyze skeletons

ダウンロード

ミラーサイト:

debian パッケージやその他に関しては ダウンロードページ をご覧ください。

ライセンス

Fijiは、GPL(General Public License)でリリースされています。

各コンポーネントは、それぞれのライセンスがあります。


添付ファイル: fileTem-42-33-f.png 1043件 [詳細] fileSimpleNeuriteTracer.jpg 1321件 [詳細] file3D-Viewer.jpg 722件 [詳細] fileStitching-overview.jpg 1295件 [詳細] fileTrakem2-snap.jpg 1142件 [詳細] fileBanner-1.jpg 1075件 [詳細]

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Last-modified: 2018-05-10 (木) 15:39:54 (191d)