Software/Image/NIH ImageJ/Fiji

Origianl Site

http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Main_Page

This page is the translated articles to Japanese at 2009/11/17.

FIJI Site 日本語訳 †

FijiはImageJに基づいた画像処理パッケージです。

ユーザーにとっては、Fijiはまとまったメニュー構造（アップデート可能）を持ったプラグイン一式と包括的な文書をともなっており、容易にインストールとアップデートできるものです。

開発者にとっては、Fijiは、gitソースバージョン管理リポジトリにて提供されたオープンソースプロジェクトであり、すべてコード内部（ライブラリおよびプラグイン）を参照することができるため　プラグインの記述やプログラム開発が容易に行えるものです。

Fijiを今すぐダウンロードします

ニュース †

• 2009-12-04 - TrakEM2 が version 0.7mになりました。
• 2009-11-23 - 新規プラグイン-_SIOX (簡単自動オブジェクト展開)
• 2009-11-02 - 自動閾値プラグインがアップデートされました
• 2009-10-14 - Fiji Plzen がリリースされました
• 2009-10-12 - Fiji got a YouTube channel!

Browse the news archive.

内容 †

• 同梱されている プラグインの説明.
• Plugins メニューの詳細.
• Scripting: in Javascript, in JRuby, in Jython, in Clojure (see also Scripting Help).
• Documentation for developers. Fiji Build System build system. Report a bug and see current bugs.
• Find contact information, mailing list, IRC and help (also about the Wiki markup syntax, or how to get an account).

Snapshots †

TrakEM2: 359 montages of 13x13 tiles of 2048x2048 pixels each	Stitching of images: Automatically reconstruct tiled 2D/3D acquisitions. The example shown (6 times 512x512x86 px) took 90 seconds	3D Viewer: hardware-accelerated 3D visualization of image stacks as volumes, orthoslices and meshes	Simple Neurite Tracer: semi-automatic tracing of neurons	Feature correspondences: Automatically extracted landmark correspondences using the MOPS descriptor

Projects †

3D Viewer

• Hardware-accelerated 3D volume and mesh visualization, and 3D registration of image stacks.

TrakEM2

• Register/edit/analyze/segment/annotate/3D model terabytes of confocal and electron microscopy images.

Feature Extraction

• SIFT and MOPS.

Image registration

• Consistent and elastic 2D registration (bUnwarpJ)
• Stack slice registration
• Image montage (via TrakEM2) with global optimization (in 2D and across sections)

Stitching 2D/3D

• Stitch multiple image stacks across X,Y,Z.

Segmentation

• Simple Neurite Tracer (project page)

Segmentation Editor

• Manual (via TrakEM2)
• Level Sets
• Transform
• Distortion correction: correct lens deformation induced by the microscope (optical and electron microscopy). See the Distortion Correction plugin manual.

VIB Protocol

• Label-based 3D alignment of image stacks.

ImageJA

• The core of Fiji.

Skeletons and tree analysis

• Skeletonize and Analyze skeletons

ダウンロード †

• Linux
• Linux (64-bit)
• Windows
• Windows (64-bit)
• MacOSX (see also MacOSX tips)
• All platforms (includes all JREs)
• All platforms (does not include JREs)

ミラーサイト:

• University of California, San Francisco, thanks to Nico Stuurman!
• Fiji on GoogleCode (only files smaller than 100MB due to upload restrictions)
• Fiji on SourceForge

debian　パッケージやその他に関しては ダウンロードページ をご覧ください。

ライセンス †

Fijiは、GPL(General Public License)でリリースされています。

各コンポーネントは、それぞれのライセンスがあります。